1956年12月，在曲阜师范大学首任校长、新儒家传人高赞非领导下成立了孔子研究会，1979年1月24日更名为孔子研究室；经山东省人民政府批准，1983年2月8日更名为孔子研究所，后更名为孔子文化研究院。“九五”以来，以孔子儒学研究为特色的专门史是山东省强化建设的重点学科，孔子文化研究院先后被山东省确定为“儒学研究基地”（十五）、“儒学研究中心”（十一五）、“孔子与传统文化研究中心”（十二五）、“山东省一流学科”（十三五）。

一大批专门从事孔子儒家文化、中国儒学史、孔子儒家文献、儒家文物古迹、孔子文化传播研究及服务社会的专家汇聚于此，形成了一只由海内外知名学者组成的实力雄厚、优势集成、机构合理的专兼职队伍。目前，孔子文化研究院专职研究人员32人，其中教授16人（博士生导师7人），副教授7人（硕士生导师7人），讲师9人（硕士生导师7人），校内外兼职人员50余人，其中自主培养儒学泰山学者特聘专家1人，泰山学者专家1人，山东省突出贡献专家1人，山东省高端智库人才1人，泰山学者青年专家2人。藏书共计25万余册，其中线装古籍2万余册，藏有《四库全书》《四部丛刊》《丛书集成初编》《四部备要》等大型丛书，订有报刊杂志180余种，珍贵历史文物200余件，中外文数据库20多个，另有大量的多媒体文献。

孔子文化研究院多次举办国内外儒学学术会议，广泛进行交流，与数十个国家和地区的专家学者建立了学术联系。