2005年6月28日，国家汉办与日本立命馆签署了设立立命馆孔子学院的合作协议。北京大学作为中方代表机构与日本立命馆共同展开孔子学院的相关工作，双方于2006年4月18日签署了执行协议。孔子学院于2007、2008、2011年3次被国家汉办评为“先进孔子学院”。

立命馆孔子学院地处日本古都—京都，为世界首批、日本首家孔子学院。学院自成立以来，以促进汉语教学、弘扬东方文化、扩大国际交流为宗旨，自我定位是学堂、窗口和桥梁，努力探索以汉语教学推动文化交流，以文化交流促进语言教学的新模式。本着这一宗旨，立命馆孔子学院把工作的重心放在以下两个方面：第一，努力构建日本汉语教学的先进性平台。在扎实推进汉语教学的同时，注重提升教师水平，积极推进本土汉语教师赴华恳谈活动，并继续邀请知名专家、学者赴日举办演讲会；第二，办成日中交流的中心窗口。学院努力建立并拓展与中国各大学以及世界各孔子学院的友好合作关系，积极实施学生以及商界人士的中国留学活动。